デザイン変更、テーマの変更は頻繁にしたいけれど、カスタムポストタイプの登録など、テーマにかかわらず維持したいカスタマイズもあると思います。
そんな時は自作のテーマのように、自作のプラグインを1つ作って有効にしておくと簡単です。
1ファイルだけの自作プラグイン
以下のような内容のファイルを myplugin.php のようなファイル名で wp-content/plugins ディレクトリの中に置けば、functions.php のような感覚でカスタマイズが適用でき、テーマを差し替えてもプラグインが有効な限りはカスタマイズが維持されます。
<?php /* Plugin Name: myplugin */
ファイル1個で構成されるプラグインです。
ファイルを置いたら、管理画面のインストール済みプラグインのページで有効化します。
あとは、この myplugin.php ファイルにカスタマイズを書いていけばよいです。